2015 год. В небе были замечены таинственные огни... и следом незваные гости начали тайно похищать людей для неизвестных целей. В связи с неспособностью стран мира к адекватному реагированию, создается проект XCOM – элитное подразделение, призванное сражаться с пришельцами в любой точке планеты. Совет Наций поставил во главу XCOM самого ненавистного военного преступника современности – Командира. Теперь ему предстоит сплотить защитников Земли, в то же время соревнуясь со своими врагами в ООН.

После причинённых дредноутом разрушений отношения между Командиром XCOM и Советом накаляются. Несмотря на попытки контроля со стороны советников, командующий стремится сделать всё от него зависящее, в то же время борясь с древней глобальной организацией и растущим количеством государств, пожелавших воспользоваться непростой мировой ситуацией с целью наживы.