Прошло 3 года.
Действие разворачивается 23 августа 2023 года, спустя 3 года после событий на острове Лингшан. Конфликт США и Северной Кореи не стал достоянием общественности, как и столкновение и тех, и других с инопланетянами — цефалоподами, или цефами. В Нью-Йорке разразился неизвестный вирус, по слухам инопланетного происхождения, и частная военная компания C.E.L.L., подконтрольная корпорации «Харгрив-Раш» и дочерней ей компании CryNet, создавшей нанокостюмы, пытается сохранить порядок. Но получается это с трудом, так как за это время вирус беспощадно истребил около 70% всего населения. Вирус, впервые обнаруженный в Манхэттене вызывает полный клеточный распад и некротические мутации. Помимо страшного вируса в город вторглись и сами цефы. Похоже, инопланетные захватчики перешли к энергичным действиям. Величественные здания лежат в руинах, а некоторые полуразрушенные, а немногие всё ещё стоят нетронутыми. В мегаполисе настоящий хаос. Хуже того, он был изолирован от всего остального мира. ВС США взяли на себя уничтожение цефов, в то время как CELL только подливают масло в огонь. Правительство США приняло это отчаянное решение, дабы не дать заразе расползтись по миру. Номад, Джейк Данн всё это время бродил по гигантской агломерации, пытаясь выяснить причину вспышки неизвестной болезни и отыскать друзей, которых он не видел целых 3 года. Как ни прискорбно, но Номад всегда отличался холодной решительностью и горячей верой в лучшее будущее. Именно эти качества и помогли ему выжить во всей суматохе в Нью-Йорке. Сейчас он ведёт свою «партизанскую» войну и с CELL и с цефами.Нью-Йорк, 22:00. Река Гудзон.
Весь город охвачен пламенем незримой войны между враждебными сторонами: CELL и Цефы. Боевые корабли инопланетян свободно рыщут над городом. Один из них совершает безжалостное нападение на группу выживших ребят, которые смогли спастись из тонущей субмарины, подбитой цефами. Всех изрешетило, лишь Алькатрас всё ещё никак не умирал. В конце концов он получил страшные травмы всех органов и позвоночника, но всё ещё был жив, хотя и был на волоске от смерти. Корабль мог бы и добить израненного морпеха, но как вдруг вражеский летун получил пулемётную очередь. Алькатрас умирая, мельком заметил какую-то чёрную фигуру. Силуэт совершил нападение на десантный корабль цефов и наконец уделал его. Бросив оружие, он подошёл к умирающему морпеху. — Алькатрас? Так тебя зовут? Алькатрас… Судьба злая тётка… Потерпи, сейчас мы тебя оденем… Чёрный силуэт с серебряными оттенками потащил его в безопасное место. Чёрной фигурой оказался никто иной как Пророк, Лоуренс Барнс. Он был заражён печально известным вирусом. Зная, что ему осталось недолго он решил отдать свой костюм морпеху. Предварительно перед этим записав последнее обращение к нему. В этой записи были слова о том, что теперь Алькатрас последняя надежда Пророка на спасение человечества. Алькатрас слышал выстрел и глухой удар о каменный пол, а потом полное забвение. Номад издали видел всю эту бойню благодаря оптическому визору. Был бы он поближе он бы непременно спас бы их всех, но увы солдат был слишком далеко и он не успел бы в любом случае, ещё и на 70-м этаже одного из зданий. Но он заметил другого обладателя нанокостюма. Парень подумал, что это может быть Пророк. Так или иначе спецназовец разузнает всё и пойдёт по следам товарища по оружию, надеясь его отыскать.Нью-Йорк, 08:00. Карантинный центр, недалеко от Реки Гудзон.
Алькатрас очнулся, он растерянно осмотрел себя и понял, что на нём необычное одеяние. Недалеко от него было мёртвое тело его спасителя, чьё тело было искалечено инопланетным вирусом. Он подобрал пистолет и ринулся в путь стараясь выполнить просьбу Пророка — найти и защитить Нейтана Гулда. По пути ему виделась жуткая картина: везде были разложившиеся трупы несчастных в специальных мешках, зловоние и тучи мух. Благо, что на морпехе был нанокостюм, которому не помеха эти мелочи. Впрочем, ему не пришлось долго выбираться из безлюдного места. Выбив дверь, он вышел наружу. Затем, услышал звуки стрельбы и благодаря визору заметил, как один из солдатов CELL казнил троих морпехов. По городу Алькатрасу приходится передвигаться осторожно, поскольку всюду находятся группировки бойцов CELL, а в небе рыщут их вертолёты и корабли цефов. Он методично избавлялся от каждого из наёмников. Как только он прошёл через пункт дезинфекции Алькатрас заметил, в каком хаосе весь город. Нейтан Гулд не знал, что под нанокостюмом морпех вместо Пророка и потому продолжал обращаться к нему как ко второму. Попутно, ему пришлось на крышах зданий избавится от троих CELLовцев. Как только он минует группу бойцов, сжигающих трупы, Алькатрас по наводке Гулда идёт в метро, но оказалось, что это не лучшая идея. Он видел, что в метро обстановка ничуть не лучше, везде маленькие шустрые насекомоподобные твари с красными визорами вместо глаз. Кроме того, тепловых излучений под землёй огромное количество. Хуже того, уже появились цефы и вступили в ожесточённый бой с конвоем CELL. Морпех решает найти обходной путь. В это же время Номад обнаруживает здание, в которое предположительно один из его друзей вошёл, кого-то спасая. Но увиденное поразило его до глубины души. Номад нашёл тело своего босса Пророка. Он опустился на колено и опечаленно поник голову вниз. — Чёрт…господи, — грустно выдавил он и приставил ладонь на веки глаз Пророка и закрыл их на веки вечные. Спите спокойно, сэр. Я отомщу за вас. Глубоко в его душе вспыхнула ярость. Он набрался решимости отомстить за смерть босса. Благодаря нано-визору он смог засечь следы нанокостюма своего босса и немедленно пошёл по следам, намереваясь найти и покарать убийцу. Алькатрас по просьбе Гулда, который всё ещё принимает его за Пророка исследует останки подбитого истребителями CELL десантного корабля кальмаров. Учёный просит извлечь из них генетический материал, чтобы узнать тайны пришельцев и найти способ победить их. Вскоре, морпех достигает нужного места, перебил не один десяток бойцов Локхарта и осмотрел каждую капсулу. Во всех ёмкостях не было ничего полезного, пришлось идти внутрь гаража. Ошарашенный Гулд с ужасом говорит, что в цистернах-контейнерах была расплавленная человеческая плоть. Пришлось в итоге идти с ни с чем. Но как вдруг визор стал давать сбой, сопровождаясь ещё и трескающим звонким сигналом, как будто топтают разбитое стекло. На Алькатраса напал гуманоид, почти 2,5 метров ростом. чьё мягкое и склизкое тело было облачено в могучую грубую серебристую броню. На руках твари были длинные острые клинки. Оно схватило морпеха и пыталось ввести смертельные споры. Нанокостюм отверг нежелательные организмы и испустил электромагнитный импульс, отбросивший инопланетянина. Завалить шустрого, но не очень выносливого врага было не особо то и сложно, если меткость в норме. Гулд как раз получил то что хотел — ДНК цефов. Эта информация позволит разгадать все тайны этой цивилизации и использовать её же слабости против космических кальмаров.Спустя 1 час. Ярость на дороге.
За время похода к лаборатории главный герой становится свидетелем ссоры командора C.E.L.L. Доминика Локхарта и советника Тары Стрикланд (кстати, дочери майора Стрикланда из первой части). До этой главы Алькатрас собирает образцы ткани пришельцев со сбитого инопланетного корабля. Тем временем Гулд из-за угрозы со стороны C.E.L.L. вынужденно покидает лабораторию и отправляется в квартиру своей бывшей подруги. Алькатрасу было непросто по пути, чтобы достичь обителя учёного. Морпеху не раз пришлось пересекаться с бойцами Локхарта, перебираться с одной автострады на другую. Он в итоге наткнулся на небольшой блокпост, где издали ещё и был мощный БМП с 50 миллиметровой пушкой и ракетными скоростными установками. Используя маскировку Алькатрас смог проникнуть в одно место, где тоже был аналогичный тяжёлый транспорт. Сев на него он от души повеселился, громя солдатов и уничтожив вражескую машину. По пути ему не раз пытались помешать добраться до Гулда — и всё благодаря Локхарту. Несмотря на огромные преграды и отряды солдат с бронетехникой и вертолётами, Алькатрасу всё было не помеха и смог добраться до причала Харбор-Лайтс.Подопытный кролик
У причала был целый взвод бойцов CELL. Морпех решил не привлекать к себе внимания и по-тихому принялся устранять врагов из скорострельной снайперской винтовки, которую он взял у оглушённого им солдата. Дальше, ему пришлось уничтожить суперкомпьютер Гулда, где были все файлы о разработках Харгрива и личные данные. Если бы эта информация попала не в те руки, то были бы у наших героев огромные неприятности. Внутри лаборатории было примерно от 8 до 10 бойцов. Ал пустил в ход светошумовую шашку. Ослеплённые и сбитые с толку солдаты CELL всполошились, а некоторые даже стреляли наугад в дверной проём, откуда могла быть брошена граната. Не прошло и 10 секунд, как все полегли на пол бесшумной очередью талантливого воина будущего. Суперкомпьютер со всей информацией был уничтожен, тем самым не дав Локхарту преимущество. Взбешённый очередной неудачей командор Локхарт выслал вертолёт, дав приказ сравнять всё здание с землёй, а вместе с этим и похоронить ненавистного ему Пророка, чей костюм уже носит солдат КМП. Пулемётные очереди 30-миллиметровых пушек прошивали насквозь всё здание. Гулд запаниковал, ведь все его плоды труда пропали даром, а между прочим это были годы исследований — всё пропало! Помимо вертолёта с яростными стрелками подходили и мелкие сошки в виде одиночных бойцов. Несмотря на большую разницу в силе и численности, Алькатрасу удалось победить всех солдат и подбить вертолёт. Битва длилась примерно 10 минут. Нейтан был счастлив, что герой выжил и выслал свои координаты. Достигнув наконец нужного места Ал был уже внутри квартиры Гулда, тот ещё сильнее возрадовался долгожданному приходу товарища. По приходу Алькатраса в квартиру Гулд сканирует его костюм и наконец понимает, что перед ним не Пророк. Всполошившийся Гулд направил пистолет на Алькатраса. Однако Гулд, увидев оставленную Пророком запись, осознаёт непричастность морпеха к смерти его товарища. Удивленный и расстроенный Гулд вкратце вводит героя в курс дела, объясняя ему, что из себя представляют цефы. Инопланетяне, по строению, как ни парадоксально напоминают на земных головоногих моллюсков. Также игрок здесь узнает, что секрет победы над цефами кроется в глубинных слоях костюма, до которых можно добраться лишь из капсулы в лаборатории «Харгрив-Раш» — корпорации-создательнице нанокостюма. В этот момент раздался еле слышный выстрел, пробивший аквариум с осьминогом, всё содержимое вылилось на пол. Это были снайперы CELL. Алькатрас имел при себе такое же оружие и быстренько перебил всех. Но отряды наёмных бойцов Локхарта стали всё настойчивее и яростнее наступать, из-за чего пути Алькатраса и Гулда расходятся. Алькатрас с небольшим трудом перебил многих. Вдруг неожиданно на него напал один из солдат. Вдвоём они вывалились через окно и пытались пересиливать друг друга. Алькатрас пересилил настырного солдата и относительно мягко приземлился на него. На этом он отрубается.